Mikroskopy klasyfikuje się w oparciu o zasadę działania i można je podzielić na mikroskopię polaryzacyjną, mikroskopię optyczną, mikroskopię elektronową i mikroskopię cyfrową.
1. Mikroskop polaryzacyjny to rodzaj mikroskopu wykorzystywanego w instytutach badawczych do badań nad przezroczystymi i nieprzezroczystymi materiałami anizotropowymi. Znajduje on zastosowanie w takich dziedzinach jak nauki ścisłe i inżynieria, jak np. geologia.
2. Mikroskopy optyczne zazwyczaj składają się z części optycznych, części oświetleniowych i części mechanicznych. Mikroskop optyczny może powiększyć obiekt 160 razy, przy minimalnej rozdzielczości 0,1 mikrometra.
3. Mikroskopy elektronowe mają podstawowe cechy strukturalne podobne do mikroskopów optycznych, ale oferują znacznie większe możliwości powiększania i rozdzielczości obiektów, wykorzystując przepływ elektronów jako nowe źródło światła do obrazowania obiektów.
4. Mikroskopy przenośne są w większości rozwinięciem serii mikroskopów cyfrowych i wideomikroskopów, które rozwinęły się w ostatnich latach
